Começou a ser edificado em 1642, junto ao local onde, segundo o relatório do marquês de Fronteira, de 1675, desembarcou, em 1580, o exército invasor espanhol, comandado pelo duque de Alba. A importância estratégica da zona justificou, assim, a urgência da construção de uma fortificação que a defendesse, já operacional em 1646.

De estrutura simples, este pequeno forte de planta retangular, cujo espaço se dividia em duas áreas distintas – a bateria e os alojamentos, seccionados em quatro dependências – manteve-se quase intacto até ao terramoto de 1755, que o danificou severamente. Apesar de ter sido objeto de uma campanha de obras durante o período miguelista, com a vitória liberal o forte foi desativado. Em 1928, já desartilhado, foi entregue à Faculdade de Ciências de Lisboa, para a instalação do Museu Bocage; e em 1999, ao Instituto do Mar, que aí instalou o Laboratório Marítimo da Guia, onde se conduzem investigações sobre ecologia marinha (sistemas costeiros e profundos) e ecofisiologia marinha (fisiologia do crescimento, nutrição e reprodução de espécies marinhas).